《黑色孤儿第一季》是一部悬疑科幻剧，讲述了一个关于身份、亲情与阴谋的故事。故事背景设定在现代社会，围绕着一群基因克隆人展开，他们从被控制的人生中奋力挣脱，追寻自我与自由。

剧集的主人公莎拉·曼宁（Sarah Manning）是一名孤儿，在无意中目睹了一个与自己模样一模一样的女人自杀。她冒名顶替成为这个“孤儿”，无意中卷入了一个涉及多个克隆体的庞大阴谋。莎拉发现，自己和其他女性都是同一个科学项目的产物，每个人都有不同的背景与命运，但都被神秘组织监控和操控。

莎拉的主要盟友包括她富有正义感且技术高超的养女菲尼克斯、冷静理智的侦探阿尔基·达金斯，以及一群各具特色的克隆姐妹。随着调查的深入，莎拉揭开了更多关于自己身世的秘密，也逐渐接近那个幕后黑手。第一季的高潮在于莎拉与邪恶组织的对抗，以及她如何保护自己的“家人”。最终，虽然一部分谜团仍未解开，但莎拉坚定了争取自由和真相的决心。